Похоже WordPress был установлен в подкаталог как описано <a href="https://codex.wordpress.org/Giving_WordPress_Its_Own_Directory">тут</a>. К сожалению WordPress пишет .htaccess в свой каталог установки, а не туда откуда отдается сайт.<br />При обновлении правил перезаписи URL в этом плагине, вам придется вручную скопировать файл в корень сайта. Это будет исправлено в будущем.